Il patrimonio archeologico sommerso è sottoposto alle medesime disposizioni di tutela di quello terrestre. Pertanto, anche in relazione ai beni archeologici situati nelle acque marine e interne del territorio di competenza, la Soprintendenza svolge attività di tutela e valorizzazione. In particolare:

• esegue sopralluoghi ed ispezioni allo scopo di controllare la consistenza e lo stato di conservazione dei resti archeologici sommersi e di effettuarne la documentazione e il recupero, quando ciò sia necessario per evitare il pericolo di trafugamenti o la perdita dei reperti;
• esamina i progetti ed esprime pareri in merito alla realizzazione di opere che, in tutto o in parte, interessino i fondali ed il sottosuolo in ambiente marino, lacustre ed umido (strutture portuali, impianti balneari, banchinamenti lungo le rive dei fiumi ecc);
• svolge ricognizioni, prospezioni, scavi, documentazione e recupero di reperti a spese della committenza pubblica nell’ambito dei lavori di realizzazione di opere pubbliche;
• redige programmi di tutela e di ricerca per i quali elabora progetti specifici.

Di particolare importanza, in questo settore, la collaborazione con le Forze dell’ordine e con alcuni nuclei speciali come il Comando Carabinieri Tutela Patrimonio Culturale di Cagliari, il Nucleo Sommozzatori del Comando Carabinieri di Cagliari, il Nucleo Sommozzatori del Comando provinciale dei Vigili del Fuoco di Sassari. Preziosa anche la collaborazione delle Capitanerie di Porto, anche per la disponibilità di supporti logistici, e di associazioni di volontariato come il Centro di Ricerche Archeosub Sassari Alghero e il Centro Sub Tavolara.
Il Servizio per l’Archeologia Subacquea della Soprintendenza Archeologia, belle arti e paesaggio per le province di Sassari e Nuoro, istituito formalmente nel 2006 (ai tempi della Soprintendenza per i Beni Archeologici per le province di Sassari e Nuoro), è suddiviso in due settori territoriali, con sedi a Sassari e ad Olbia. I responsabili sono coadiuvati da personale fornito di una specifica abilitazione, rilasciata da Ministero, che viene rinnovata ogni anno a seguito di verifica dell’idoneità fisica alle immersioni.